动物分类系统主要阶元是门、纲、目、科、属、种。我们先从“目名”讲起，哺乳纲中具有①门齿无齿根而终生生长、②无犬齿而具“齿虚位” (即门齿与颊齿间有宽空隙)2特征者，皆以发达的门齿啃啮食物，为“啮齿类”。苏联学者Ognev（1940）将它们归为啮目（Glires——系采用Linne系统中的“啮目”名而去掉犀牛），再依上门齿结构分为复门齿亚目（Duplicidentata，包括兔类和鼠兔类）和单门齿亚目（Simplicidentata，包括鼠类及河狸、豪猪、旱獭等）。我国早年教科书采此说，或将目名改为Rodentia（“啮齿目”）而下分该2亚目。但美国学者Simpson（1945）提出一套完整的动物分类学原理和方法，将Glires提格为啮类总目，两亚目分别提格为兔形目（Lagomorpha）与啮齿目（Rodentia），更受国际普遍认同；我国上世纪70年代后也多从之，不过按习惯仍常将两者合称“啮齿动物（rodent）”，是为俗名，2008、2012年郑智民等主编的专著兼述Glires的2目，也仍名《啮齿动物学》。而现今有些文献中讲“啮齿动物”则是狭义的，限指Rodentia（啮齿目），阅读时须留神。
依Corbet和Wilson的名录，我国啮齿动物属级及其下分类单元学名改变尤多。改变的原因，一类是贯彻《命名法规》作了修订；另一类是科学进步所
2.“高山鼠兔”一分为三——在中国，原鉴定为高山鼠兔Ochotona alpina 几个亚种的，现均被修订为独立物种：
6.“旱獭属”重新独立3个物种——旱獭属Marmota的草原旱獭 M. bobak、灰旱獭M. baibacina和西伯利亚旱獭 M. sibirica曾被合并为欧洲旱獭M.marmota 或草原旱獭 M. bobak。现根据遗传免疫学研究分析，以及发现后2者在蒙古国西北部同域分布，已被重新认定为3个独立物种。
9.“鼹形田鼠”1亚种升级——原为鼹形田鼠Ellobius talpinus阿尔泰亚种E. t. tancrei现提升为独立物种：Ellobius tancrei。
12.“柴达木根田鼠”被认定为独立物种——分布在青、甘、川及内蒙古西部的根田鼠原订名为根田鼠Microtus oeconomus的limnophilus亚种。但除牙齿特征与其相近外，形态和生态上二者区别较大，现认作独立物种Microtus limnophilus，并已得到染色体研究结果支持。
15.“毛足田鼠”升为属级，3著名田鼠改“姓”——原为田鼠属 Microtus 后足掌被毛的亚属现独立为毛足田鼠属Lasiopodomys。此属3种田鼠皆更改属名：布氏田鼠Lasiopodomys brandtii、青海田鼠Lasiopodomys fuscus和棕色田鼠Lasiopodomys mandarinus。
16.我国各地“小林姬鼠”皆系误称，全被订正为姬鼠属的不同物种——中国各地林栖的一些体型较小的姬鼠早年几乎都曾被鉴定为小林姬鼠Apodemus
18.原“大鼠属Rattus”大拆分，我国20余种大鼠须改“姓”——原分类系统中的Rattus 是哺乳动物中物种数最多的属，近半个世纪已拆分出多个新属，仅中国境内就已分为大鼠属Rattus、白腹鼠属Niviventer、青毛鼠属Berylmys、小泡巨鼠属Leopoldomys和王鼠属Maxomys等5属。其下20余种鼠都随之挪位改属名。
在Wilson et.al.《世界哺乳动物物种》第3版（2005）新分类系统中，我国啮齿动物物种的分类位置也发生了非常大
5，将原为鼯鼠科Pteromyidae的鼯鼠类动物，改为松鼠科Sciuridae 松鼠亚科Sciurinae内的
